Tưởng đã xin lỗi người Nhật vào ngày 10 tháng 5 và cách chức Hạ Diệu Tổ. Sau vụ việc, Tưởng quyết định sẽ viết một "cách để giết người Nhật" mỗi ngày trong nhật ký, và cũng viết rằng giờ đây ông coi người Nhật là kẻ thù lớn nhất của Trung Quốc. Biện minh cho việc lùi bước sau cuộc xung đột ở Tế Nam, ông nói thêm rằng "trước khi có thể trả thù, phải mạnh mẽ".[36] Khi Tưởng thuyết giảng một nhóm học viên quân đội Trung Quốc về chủ đề này, ông thúc giục họ dồn hết sức lực để rửa sạch nỗi xấu hổ Tế Nam, nhưng phải che giấu sự thù hận cho đến giây phút cuối cùng. Thủ tướng Nhật Bản Tanaka, người cũng hy vọng tránh xung đột, đã mở cuộc đàm phán với Tưởng, và gần một năm sau, vào tháng 3 năm 1929, một thỏa thuận đã đạt được để chia sẻ trách nhiệm về sự cố Tế Nam, giải quyết tranh chấp và rút toàn bộ quân Nhật khỏi Sơn Đông.[37]

Nếu đây là một trường hợp cụ thể riêng lẻ về sự quả quyết của Nhật Bản và sự phản kháng của Trung Quốc thì đã có thể đạt được một thỏa thuận rộng hơn. Tuy nhiên, quân đội của Tưởng tiếp tục mở rộng tầm kiểm soát ở miền bắc Trung Quốc và quân đội Nhật Bản ngày càng mất lòng tin với các lực lượng của chủ nghĩa dân tộc Trung Quốc.[38] Theo nhà sử học Iriye Akira, sự kiện Tế Nam đã cho thấy bản chất yếu kém của hệ thống chỉ huy Nhật Bản và sự bất lực của quan chức chính phủ dân sự trong việc ngăn chặn hành động đơn phương của quân đội.[39] Các nhà lãnh đạo quân đội Nhật Bản, ngày càng nằm ngoài sự kiểm soát của chính phủ dân sự, lo sợ rằng Tưởng sẽ đáp trả bằng cách kích động lòng yêu nước và đe dọa lợi ích của Nhật Bản ở miền nam Mãn Châu.[40] Theo tiền lệ về hành động đơn phương của Fukuda ở Tế Nam, một nhóm sĩ quan của Đạo quân Quan Đông đã ám sát lãnh đạo của chính phủ Bắc Dương và người đứng đầu Mãn Châu Trương Tác Lâm vào ngày 4 tháng 6 năm 1928, mở ra một chuỗi các sự kiện tạo ra cơ sở cho Nhật Bản xâm lược Mãn Châu năm 1931.[41]